Viðey er merkur sögustaður. Þar hafa fundist merki um mannvistir allt frá 10. öld. Árið 1225 var reist klaustur í eynni, mikið menningar-­ og lærdómssetur, og var svo til siðaskipta um 1550.

„Faðir Reykjavíkur“, Skúli Magnússon landfógeti lét byggja Viðeyjarstofu, elsta steinhús landsins og bjó þar frá 1754. Viðeyjarkirkja, sem er næst elsta kirkja landsins, var byggð árið 1774 og er kirkjan enn með upprunalegum innréttingum.

Myndarlegt útgerðarþorp var í Viðey frá 1907 til 1943 og þar bjuggu mest um 140 manns. Reykjavíkurborg eignaðist eyjuna árið 1986 en Viðey var gjöf íslenska ríkisins til borgarinnar á 200 ára afmæli hennar.